Обычно все взаимосвязано довольно просто. Есть потребляемая двигателем мощность. Есть напряжение бортовой сети, которое должно поддерживаться реле-регулятором, а значит примерно равно константе.
Мощность - не что иное как произведение напряжения и силы тока. Следовательно, мощность (при неизменном напряжении) может повышаться только за счет силы тока. Получается, что при нормальном режиме работы, чем мощнее потребитель - тем больше тока он потребляет (имеется ввиду параллельное соединение потребителей).
А еще есть такое понятие как сопротивление потребителя. Если где-то внутри потребителя возникает короткое замыкание - то сопротивление падает. А по закону Ома (I = U/R) при уменьшении сопротивления при неизменном напряжении сила тока увеличивается. Увеличение силы тока ведет к проблемам, которые вы описали - плавятся провода, реле и т.п.
Теперь по делу. Если вы далеки от электричества, то лучше обратиться к квалифицированному человеку. Не обязательно на сервис, возможно, есть знакомый электрик, который вам поможет. Вентилятор потребляет довольно приличный ток, но плавиться ничего не должно. Пост выше объясняет почему это может быть.
Сечения провода в 4 квадрата, думаю будет достаточно для тока, потребляемого вентилятором. У меня нету вентилятора и я малость не в курсе какой он должен потреблять ток. В любом случае, делать провода толще чем те, что идут от клеммы "+" генератора смысла нету никакого. Длина провода вычисляется исходя из места положения вентилятора. Логично предположить, что нет смысла делать провода длиннее на метр, а уж короче - тем более.
Увеличением сечения проводов вы НЕ добьетесь уменьшения тока в цепи от источника питания (генератор, аккумулятор) до конечного потребителя. Ток даже немного увеличится из-за уменьшения удельного сопротивления проводов и скорее всего сгорит или оплавится что-то в другом месте.