Такое может быть при исправном сцеплении и КПП.Есть одна небольшая,но очень подлючая деталь,на которую редко обращают внимание,а зря.Называется эта деталь опорный подшипник первичного вала КПП и на 406 моторе находится в маховике (кстати,не менялся подшипничек при замене сцепления?).Так вот,когда он издыхает (за долгие годы эксплуатации я заметил,что на один диск сцепления приходится примерно один подшипник) он начинает подклинивать и при выжатом сцеплении КВ не разъединяется с трансмиссией (сцепление перестаёт работать,симптомы точно такие же,как и "сцепление ведёт").Всё это как раз и проявляется на 1 и 2 передаче (3 и 4 на "Волге" можно включить и не выжимая сцепления).
Нужно снять КПП и попробовать,как проворачивается внутренняя обойма подшипника:если ступенчато и с заеданиями -причина в нём.